Antecedentes prehispánicos: El valle donde se asienta el municipio de Rayón siempre ha sido una zona muy fértil, por lo que se supone que éste territorio se pobló desde etapas muy tempranas.
Según los hallazgos arqueológico encontrados en el municipio, los primeros pobladores se asentaron en un pequeño lomerío que los lugareños conocen como "La Pirámide", entre los años 600 a 200 a.C. El territorio de lo que en la actualidad es el municipio tuvo una gran influencia teotihuacana, entonces el municipio debió ser una pequeña villa que aportara mano de obra o materiales que abundaban en la región, como pudieron ser madera o productos lacustres.
Pasada la influencia teotihuacana sobrevino la influencia Tolteca, basada esta última en religión y demás aspectos culturales; sin embargo, los grupos de otomíes mantienen una cierta influencia lo que les permite formar un pueblo matlazinca entre los años 600 a 700 d.C. y desde entonces es reconocido este pueblo como la base cultural del municipio.
Las relaciones de los pueblos matlazincas fue muy estrecha evitando la invasión de otros pueblos como los Purépechas, pero en 1460 no pudieron evitar la invasión Azteca, que logró finalmente establecer un gobierno de tipo militar en 1479 en toda la región del valle matlazinca.
Dominación española: Al poniente de la capital Mexica, los pueblos ahí asentados, optaron finalmente por aliarse a Cortés, no así la región matlazinca del Valle de Toluca, que tuvo que ser vencida por un ejército enviado por Cortés y encabezado por Gonzalo de Sandoval.
Así, un poco después de la caída de Tenochtitlán, la región que es hoy el Estado de México y el municipio de Rayón quedó bajo el dominio Español y de inmediato se llevó a cabo una división territorial que premiaba con creces a los conquistadores, Cortés quedó como propietario del Marquesado del Valle y éste mismo otorga en 1528 a Juan Gutiérrez Altamirano las tierras del Valle de Toluca, apareciendo después las haciendas que tomaron para sí la mayor parte del territorio municipal, dejando a las comunidades tierras anegadas y poco productivas para asegurar la dependencia de las comunidades a las señaladas haciendas.
La Independencia: La marcada desigualdad social de 300 años motivó a los pueblos del Valle de Toluca a dar su apoyo incondicional a Hidalgo y la población de Rayón no fue la excepción, ajustándose al plan básico del generalísimo; en el territorio municipal se organizó una última línea de ataque a la que se agregarían tal vez simpatizantes del movimiento provenientes del sur, los cuales se dirigieron a la batalla más importante del movimiento independentista "La Batalla del Monte de las Cruces".
En 1812 cuando Ignacio López Rayón se posesionó de Tenango del Valle, el municipio dió su participación más importante a la causa libertaria, apoyando al héroe con una avanzada ubicada al poniente del asiento actual del municipio y que por momentos detuvo los embates realistas; de esta singular alianza se toma el nombre del municipio al eregirse como tal en 1874.
Revolución: Los habitantes del municipio no tuvieron una participación colectiva en el movimiento revolucionario, haciéndolo de manera individual integrándose a los grupos zapatistas, maderistas o carrancistas que llegaban al municipio.